Hablar del Museo Nacional de Arqueología, es remontarnos una centuria y media  en el  tiempo para honrar la memoria de insignes ciudadanos y valorar su preocupación por conservar testimonios físicos de quienes nos antecedieron.  

Uno de esos hombres fue el Monseñor José Manuel Indaburo que a través de muchos años de sacrificada labor, logró reunir una colección compuesta de objetos arqueológicos, etnográficos de ciencias naturales, etc, que la donó al pueblo paceño con el proposito de formar un museo en esta ciudad.  

Durante los años turbulentos del gobierno presidido por el vencedor  de Ingavi el Gral. José Ballivian, y especificamente un sábado 13 de junio de 1846, en uno de los ambientes del Teatro Municipal, situado en la calle Genaro Sanjinés, se inauguró un "MUSEO PUBLICO"cuyo primer director fue el Dr. Manuel Fernández de Córdova.  

El año 1919 durante el gobierno de Don José Gutíerrez Guerra, se aprueba el contrato de alquiler del Palacio Tiwanaku para que en este edificio funcionaran los Museos Nacional y Mineralógico.  

En 1922  mediante Resolución Suprema de 22 de mayo de ese año, el Presidente Bautista Saavedra acuerda y autoriza la compra del edificio y su forma de pago con el voto favorable del parlamento.  

Ratificada esta compra mediante resolución de 26 de agosto de 1922 pasó definitivamente a poder del estado boliviano.  

Hasta comienzos del año 1959 mantenía su condición de multidiciplinario.  
Después de un cuidadoso estudio a cargo del Dr. Carlos Ponce Sanginés quien desempeñaba las funciones de Director del Centro de investigaciones Arqueológicas en Tiwanacu y la dirección del Museo el Arq. Gregorio Cordero Miranda , el 31 de enero de 1960, fue reinaugurado con el nombre de "MUSEO NACIONAL DE ARQUEOLOGIA"delegando las otras  especialidades  a los diversos museos existentes  y propiciando la creación de otros nuevos.  

Merced a investigaciones y trabajos  cuidadosos de excavación se acumularon más de 50.000 piezas arqueológicas de culturas, tanto de la zona oriental o llanos como de la zona occidental o montañosa.  
Esta es a grandes rasgos  la historia del Museo Nacional de Arqueología que dentro de un año cumplira un siglo y medio de existencia.  

Este museo a grandes rasgos, la HISTORIA NACIONAL DE ARQUEOLOGIA que tiene más de un siglo y medio de existencia .  
Este museo como nuestra de nuestra patría, ha nacido en en una época borroscosa; como Bolivia, ha atravesado circunstancias difíciles  y ha llegado a su madurez dispuesto a seguir contribuyendo  al desarrollo cultural del pueblo boliviano.